荧光探针实际上是一段寡核苷酸。它的一端连有一个报告基团可以释放荧光，另一端连有一个淬灭基团可以吸收报告基团所释放出来的荧光。探针完整的时候（figure 1），淬灭基团像一个网罩一样可以把报告基团释放出来的荧光控制在一个非常小的范围内，此时外界检测不到任何荧光。当探针被破坏，这个报告基团会游离在保护罩之外，释放出一定强度的荧光，此时通过对这些荧光信号进行实时监测，即可实现实时荧光定量的实验目的。
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